De la peste noire de 1348-1350 à la grande peste de 1629-1630, l’épidémie, véhiculée par les armées en campagne, a frappé une dizaine de fois la Savoie.

L’annonce des premiers symptômes du fléau déclenche la panique. Annecy se vide de sa population pour la campagne environnante et s’entoure d’un cordon sanitaire ; seuls restent les malades, les pauvres, quelques édiles. En 1503, les syndics d’Annecy enjoignent aux paroisses voisines de « retirer les gens suspects d’infection sous peine de cinquante livres d’amende par cas ».

Dans la seconde moitié du 16ème siècle, qui a vu cinq retours offensifs de la peste, les syndics d’Annecy et le « capitaine de santé » se réunissent au Petit-Brogny où l’air est plus pur que dans les ruelles d’Annecy ; ils font construire des cabanes, notamment aux Iles du Fier, pour y installer les malades qui ne peuvent en sortir sous peine d’être « arquebusés ».

Il n’est pas possible d’estimer globalement le nombre de victimes de la peste. A Annecy-le-Vieux, l’état civil de l’année 1629 porte la marque d’un « accident démographique » très net :
· 3 mariages contre une dizaine en moyenne,
· 27 décès contre une dizaine en moyenne également ; ce chiffre ne tient pas compte des « soubterrés », ensevelis çà et là dans la campagne sans que le curé les enregistre.

Annecy-le-Vieux a gardé le souvenir de Françoise de Riddes, épouse de Claude-François Arpiaud, maître auditeur à la Cour des Comptes du Genevois, morte de la peste le 3 septembre 1629 .

Saint-Sébastien était invoqué comme saint protecteur contre la peste ; la famille de Menthon lui avait consacré une chapelle dans l’église Saint-Laurent.